然而，很多协同OA(10oa)在发展的道路并非一帆风顺，技术手段的不足让很多软件厂商的协同OA只是一个“空中楼阁”，不仅“信息孤岛”问题依然存在，集成要耗费大量的人力和物力，集成后包含的项目管理、采购管理、客户管理等其他功能还只是一个“空壳”，功能非常简单，企业各业务环节的精细化管理只是一个遥不可及的梦，无法实现真正意义上的一体化管理。
“信息孤岛”难以消除。协同OA最重要的一点便是要消除企业内不同筒仓结构带来的“信息孤岛”，为迎合企业的需求，很多OA厂商纷纷采用“数据导入”的方式，即将其他系统的数据导入到OA系统内，以供客户查询。这种“导数据”的方式存在着很大的盲目性，容易造成数据的重复和不一致，真正意义上的数据集成应该是各个不同系统的数据能够全面关联与实时同步，使用的是同一个数据库，这样才能够真正消除“信息孤岛”，确保数据的实时精准。
系统集成成本高。协同OA注重企业各个不同系统的集成，然而往往会由于企业不同系统使用的是不同供应商，接口设计各不相同，集成起来往往需要二次开发，导致系统的集成成本高，而且非常不稳定。其实，系统的集成最好的方法便是所有的功能模块都属于同一个管理平台，无需二次开发，快速帮助OA系统向其他功能模块的延伸，帮助企业节省集成成本。
管理难以精细化。很多协同OA虽然融入了很多其他方面的功能，如项目管理、采购管理、客户关系管理等，但往往只是一些简单的功能，如项目管理模块，往往只是计划任务管理，并不能对项目计划进行严格的分解执行，也没有项目成果验收、评审以及风险、费用管理等，未能真正发挥其他功能模块的作用，管理无法精细化。
